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电池储能系统实际上也是目前比较常见的一种储能系统了，很多国家也有建设电池储电站了，实际上电池储能系统的种类也比较多，而且优缺点也需要跟其他的方式比对来说，不过这里可以列举一些电池储能共通的缺点。

1.能量密度较低，这一点主要是对比天然气，汽油这种化石燃料，和一些别的储能方式，例如水力蓄电和飞轮，有些种类的电池还是有能量密度的优势的，比能也限制了电池的储量。而人们自然希望能用更小体积的电池储存更多能量，像我国在镇江建设的一个10万千瓦级电池储能电站，基本就是一个个集装箱。实际上人们很期待储能电池能更加容易运输一些，例如，在撒哈拉沙漠利用太阳能发电，储存在电池中，运到城市中发电。目前实际能使用的电池，比能最高大概1.8MJ/kg，虽说有理论上比能很高的电池，不过还在开发中。 2.安全性，有几种电池面临安全性的问题，尤其是在高温条件下，一个例子：钠硫电池，由于液态钠的易燃性，安全性尤其差。 3.寿命，经历很多充放电周期之后很多电池的寿命和性能都会出问题，而储电系统显然希望电池寿命越长越好，这样也能节省成本，所以也有寿命比较长的电池，例如刚才提到的钠硫电池。 4.污染，很多电池处理不当的话会产生很严重的污染，例如比较传统的铅酸电池，所以新开发的电池也会留意减小污染，例如锂离子电池的污染就小得多。 5.成本，这是最影响发展的缺点之一，目前储能系统和可再生能源系统往往配套出现，一起和传统电力系统进行成本对比，很显然，目前在成本方面没有任何优势，电池系统的建设成本，建成后储能的成本都不够理想，而且成本也进一步限制了储量。